Dirigée par un Conseil de Fondation, l'école est composée des entités et organes décrits ci-dessous :
Le Conseil de Fondation
Il est composé de 12 membres élus, d’un membre nommé par le Conseil fédéral, de deux membres nommés par le Canton de Genève et d’un membre nommé par le Canton de Vaud. Le Conseil exerce également son pouvoir de cooptation en invitant, par exemple, les Nations Unies à nommer un représentant. Les membres élus sont choisis par un électorat composé de parents, de collaborateurs actuels et anciens, de membres du Conseil actuel et anciens et d’anciens élèves.
Le Directeur général
Le Directeur général est le responsable principal de l'administration et de l'enseignement de la Fondation. Il a la responsabilité de nommer les Directeurs, de planifier les programmes académiques et les équipements scolaires, de superviser la qualité de l'enseignement, ainsi que la gestion des finances, du personnel et de l'administration de la Fondation. Il élabore des recommandations à l'intention du Conseil de Fondation.
La Conférence des Directeurs
Les 15 membres de la Conférence des Directeurs forment l'équipe de direction de la Fondation. Elle est composée du Directeur général, des directeurs des finances et administration, des admissions et du marketing, de l’éducation, des ressources humaines, de l’informatique, du développement et des relations avec les anciens (dès novembre 2022), des campus et des écoles.
La Conférence des Directeurs formule les politiques, les propositions et les recommandations sur toute matière d’importance pour le fonctionnement et le développement de la Fondation et assiste le Directeur général dans la prise de décision.
